Il semble que la résolution du problème ne fut que temporaire. J'ai donc tout sauvegardé, et recréé la partition avec cette commande :

mkfs.f2fs -O extra_attr,inode_checksum,lost_found,sb_checksum,compression /dev/sdxY

Cela permet, entre autres, d'avoir de la compression au niveau du système de fichiers, mais également d'avoir des checksums utiles pour fsck.